"Portal" is often translate as 『門脈性』in the field of Medicine. As a reference, I have found a site that you may be interested in. And for "Septa", I suggest 『隔膜』.

"portal"は「門脈」"septa"="septum"、すなわち中隔、隔膜、隔壁などの訳語があります（南山堂医学大辞典）。
この文章は、肝炎の進行度分類ですので、第一期（あるいは初期）においては、「第一病期はまだらな炎症を伴う胆管病変および中隔と小葉間胆管の破壊である。肉芽腫がみられる」とのめるくマニュアルの記載をみてもわかるように、fibrosisが門脈、中隔にいたるstageである、と解釈したほうがよいかと思います。