Je pense que l'archétype des musées d'histoire naturelle c'est le "Muséum d'histoire naturelle" de Paris qui est né sous ce nom en 1793. Il était déjà ouvert au public comme "Jardin des Plantes" mais c'est la Convention qui lui a donné son statut de musée public (le Musée du Louvre aussi d'ailleurs a été créé à la même époque sous le nom de Muséum central des arts).
L'usage du terme "muséum" dans le domaine spécifique des sciences naturelles (en France en tout cas, il y en a 62) au lieu du mot musée tout court pourrait être une sorte d'hommage au premier modèle.

"Un muséum (ou museum) est un musée spécifiquement consacré à l'histoire naturelle (Ce n'est qu'à la fin du XVIIIe siècle que ce mot a pris un sens précis ; auparavant, il désignait tous les types de musées)."
http://fr.wikipedia.org/wiki/Muséum