Desaprobar would be good if you are voting not to start the union in the first place, but decertificación is the term for this situation... It isn't colloquial, but this is the most precise term.

--------------------------------------------------
Note added at 31 mins (2016-05-25 00:52:41 GMT)
--------------------------------------------------

http://www.alrb.ca.gov/content/espanol/spanish_handbook.shtm...

An example sentence from NRTW.org:

Una elección de desautorización se debe distinguir de una elección de "Decertificación ", en la cual los empleados votan para eliminar al sindicato como su representante para la negociación colectiva. Mientras que las elecciones para la decertificación bajo la NLRA normalmente solo se pueden llevar a cabo cuando se acerca el vencimiento del contrato (o cada tres años, lo que ocurra primero), las elecciones de desautorización se pueden llevar a cabo en cualquier momento durante la vida del contrato.

Coincido con Andrés en que se trata de un fenómeno concreto que no es exactamente la desaprobación; pero creo que "decertificación" es un calco del término inglés (fenómeno, por otra parte, frecuentísimo en páginas españolas de entidades estadounidenses), y que la forma correcta, aunque tampoco figure en el DRAE, es "descertificación". Esta forma de la palabra se encuentra en fuentes no traducidas provenientes de diversos países. Por ejemplo:

España:
"5.4.7 Descertificación/Certificación
La Descertificación ha jugado como un mecanismo de respuesta a la radicalización de la acción sindical de ELA"
"UGT y CCO had ido más lejos en su intento de descertificar a ELA" (pág. 329)
Renovación sindical: una aproximación a la trayectoria de ELA
https://books.google.es/books?id=X1IG95PXXJgC&pg=PA329&lpg=P...

Argentina:
"Recojan firmas de por lo menos el 30 por ciento de los trabajadores de una petición de descertificación. La Junta Nacional de Relaciones Laborales (NLRB) requiere que el 30 por ciento de una elección antes ser llamado para cambiar el sindicato."
http://www.portaldeabogados.com.ar/foros/viewtopic.php?f=9&t...

México:
"En cualquiera de estos casos, los miembros de las bases de! partido le piden al NLRB que realice la descertificación de la representación (DR). Nuevamente, si la mayoría de los miembros vota por salirse de! sindicato, pueden hacerlo [...]
Finalmente, y aún más raro que una DR, es e! caso de que la administración de la empresa inicie e! proceso de la misma (descertificación por la administración, DA). [...] Aunque ambas son formas de descertificación de los sindicatos, se debe señalar que la mayoría de los acuerdos laborales prohíben e! uso de cualquier tipo de elección con fines de descertificación mientras e! contrato esté vigente." (pág. 13)
http://www.uovirtual.com.mx/moodle/lecturas/adper/9.pdf

Véase también esta pregunta anterior:
http://www.proz.com/kudoz/english_to_spanish/human_resources...

Del diccionario de la RAE:

Del lat. revocāre.
1. tr. Dejar sin efecto una concesión, un mandato o una resolución.
2. tr. Apartar, retraer, disuadir a alguien de un designio.

Creo que es el término más apropiado en este caso, ya que es más concreto que "no aprobar" o "desaprobar" y se utiliza con mucha más frecuencia que "descertificar" que, como bien dice Charles, parece ser un calco del inglés.

"Decertification election" sería votación o elecciones para suspender/retirar la certificación. Los votantes eligieron suspender/retirar la certificación del sindicato.

No sé para dónde sea la traducción, pero en México, al menos, el equivalente oficial de "certified union" sería "sindicato titular [o administrativo] del contrato colectivo de trabajo".
De ahí mi propuesta de "retirarle al sindicato la titularidad del contrato colectivo".

Union certification is the determination by the National Labor Relations Board or a state agency that a particular union qualifies as the bargaining unit for a company’s or an industry’s workers because it has the support of a majority of the workers. It is also termed as certification of bargaining agent.
http://definitions.uslegal.com/u/union-certification/

De lo anterior se concluye que una vez celebrado el contrato colectivo de trabajo, el sindicato titular del mismo representa el interés profesional de los trabajadores afiliados porque esto no es más que la consecuencia del hecho de que ese organismo cuenta con la mayoría a que se refiere el precepto legal en cita;
http://sjf.scjn.gob.mx/SJFSist/Documentos/Tesis/393/393320.p...

Artículo 389. La pérdida de la mayoría a que se refiere el artículo anterior, declarada por la Junta de Conciliación y Arbitraje, produce la de la titularidad del contrato colectivo de trabajo.
Ley Federal del Trabajo

Cláusula 6
Sindicato Titular del Contrato Colectivo de Trabajo
http://www.profeco.gob.mx/juridico/Contrato_colec_de_trab_20...