По существу, здесь flush - "фильтрат", я бы так перевел, особо не озабочиваясь отражением малосущественных различий между flush и rinse. Но если хочется как-то разграничить их, то можно перевести flush как "поток на выходе". Его и анализируют на присутствие микроорганизмов.

https://gmpua.com/Validation/Filtration/Bacterial retention....

...Фильтр классифицируется как стерилизующий, если он выдерживает бионагрузку в виде клеток Brevundimonas diminuta в количестве не менее 10 7 КОЕ/см2 эффективной
площади фильтра и обеспечивает стерильный поток на выходе.

В некоторых словарях (например, в HoverDictionary в составе ABBYY Lingvo) flush переводится в т.ч. как "поток".

Суть стерилизующей фильтрации в том, что можно подобрать фильтр с таким диаметром пор, что молекулы неорганических и даже большие по массе молекулы органических веществ будут проходить сквозь фильтр вместе с водой или буферным раствором, а микроорганизмы будут задерживаться на фильтре вследствие их большего размера, чем диаметр пор. И на выходе будет получаться стерильный раствор, без микроорганизмов.

Что касается rinse filtrate (не стоит отрывать одно слово от другого), то в Прозе был дан такой перевод:

https://www.proz.com/kudoz/english-to-russian/medical-pharma...

rinse filtrate - фильтрат промывной жидкости