But your sentence is a bit long and not entirely sure I understand what the problem for you is;

I think it could be echar por tierra.

English term (edited): explains away the very thing it is supposed to be accommodating

La teoría de la brecha en realidad descarta/desecha precisamente aquello con lo que luego es complaciente...
(o que luego acepta)

Más que desestimar o invalidar se refiere a que rechaza algo con lo que cuenta de entrada.

Posible recreación, valga la paradoja en este caso.

My suggestion

Aquí hay un referente a la teoría de la brecha, que está aceptada también como la teoría de las ruinas y la reconstrucción. Según el referente bíblico la Tierra era la creación inicial de la perfección de Dios. El referente explica que un catastrofe fenomenal tuvo lugar por causa de un Juicio de Dios. La Tierra se encontró vaciada e inhabitable sin forma. El período de aquel vacío fue inconmensurable. Una teoría reclama que un período de brecha o de vacío duró millones de años durante los que los fósiles se sumergieron. La teoría bíblica explica que el Juicio de Dios fue un diluvio, que causó inundaciones, dejando la Tierra sumergida de aguas. Se sugirió que una rebelión satánica llevó al Juicio en el que Dios juzgó a todos los habitantes de la Tierra, dejando atrás los remnantes de los fósiles. Esos se pusieron en plantas y animales. La teoría de la brecha estima un período de un tiempo de millones de años, durante los que la Tierra estuvo vaciada mientras se esperaba su reconstrucción.
Desde una teoría científica hay un continuuo de tiempo y espacio. Explica que el tiempo fue creado universalmente, de un tipo constante de pasaje independiente de un estado de moción de un observante, mientras depende de las distancias mensurables. El tiempo mensurable depende de la velocidad de objetos cerca o lejos del observante. Es decir que lo que parecía durar por millones de años podía durar cuanto menos para quien sea estaba más cerca de la Tierra

EN:
Below is a reference to the Gap Theory, also accepted as the ruin and reconstruction theory. According to the Biblical reference, the earth was God's initial creation of perfection without sin. The reference explains that a Judgement of God caused a phenomenal catastrophe and chaos, leaving the Earth formless and void. It had been created to perfection, then later to become desolate and uninhabitable for an immeasurable period of time. Some theorists claim that a Gap period lasted for millions of years during which fossils emerged and came to existence. The biblical theory claims that the Judgement was described as a flood which brought the Earth to be submerged in water. A Satanic rebellion is suggested as a cause for a Judgement by which God judged all of the Earth's inhabitants, leaving behind fossil remains only. Those became plants and animals later.
The Gap Theory estimates the time period during which the Earth lay desolate and uninhabitable until its subsequent reconstruction.
https://www.blueletterbible.org/faq/don_stewart/don_stewart_...

There's a space and time continuum which explains "Time is treated as universal with a constant rate of passage which is independent of the state of motion of an observer. This is because the rate at which time passes depends on an object's velocity relative to the observer. The strength of any gravitational field slows the passage of time of an object as seen by an observer outside the field."
https://simple.wikipedia.org/wiki/Space-time
Therefore the estimation of a gap period of millions of years is possible. from a scientific perspective, particularly if an observer existed outside of the Earth's atmosphere. Due to a distance in space the measurement of time is greater when further away than it is when it's measured from a distance lying closer to the Earth.

Yo traduciría con cualquiera de estas combinaciones (excepto invalida-valida). Creo que con cualquiera se refleja el sentido original correcto.