No fundo significa apenas que o dito hotel tem aquele não-sei-quê de especial...

As duas alternativas apresentadas até agora ficariam melhor em propaganda falada. Eu optaria por "com um toque especial", que parece que se encaixa melhor em um texto escrito.

De qualquer forma, lembre-se de que "extra" não é necessariamente algo "a mais". Veja o que diz o Duden Synonymwörterbuch:

"extra
1. besonders, für sich, gesondert, getrennt, separat.
2. außerdem, besonders, darüber hinaus, dazu, mehr, über das Übliche hinaus, überdies, zusätzlich.
3. ausdrücklich, ausschließlich, besonders, eigens, einzig [und allein], gerade, nur, speziell, vor allem; (geh.): allein; (ugs.): bloß; (landsch.): express."

Boa sorte!